在朱載坖的嚴令之下，科道很快就查清了事實真相，這些被開革的吏員沒有一個是什麼好鳥，科道禦史將相關的證據呈送朱載坖後。
朱載坖召見了三法司長官，問道：“按例登聞鼓案件應當怎麼處理？”
左都禦史葛守禮說道：“迴陛下，按例鼓下所受詞狀，凡通過擊打登聞鼓或投狀通政司而發下之原告人，連同告狀到都察院，責令供狀明白， 保管聽候。之後提取原告和被告對質，記錄被告人的供述和辯護詞。然後擬定罪名。”
朱載坖接著問道：“眼下事情已經明白，總憲以為，應當如何處斷？”
葛守禮說道：“陛下，依大明律，若迎車駕及擊登聞鼓 申訴而不實者，杖一百，事重者從重論，得實者，免罪。”
朱載坖冷笑一聲說道：“彼等意圖擾亂新政，若輕判，豈不是放縱不法？”
對於這些人，朱載坖沒有任何好感，既然他們願意跳出來挑事，朱載坖肯定會成全他們的。
麵對朱載坖的質問，葛守禮略一思考之後，對朱載坖說道：“陛下，凡假以建言為由，挾製官府，及將曖昧不明、奸贓事情、汙人名節、報複私仇者，俱問罪。其有曾經法司並撫按等衙門問斷，明白意圖番異，輒於登聞鼓下及長安右門等處，自刎自縊，撒潑喧唿者，拿送法司。追究教唆主使之人， 從重問擬。”
朱載坖問道：“怎麼個從中問擬法？”
刑部右侍郎王世貞說道：“陛下，正統六年，神武中衛小旗高孟，擊登聞鼓誣告本衛指揮韓英，斬於市，籍其家。”
這個懲罰不可謂不重，但是對於朱載坖來說還遠遠達不到震懾這些人的目的。
朱載坖說道：“彼輩造謠生事，構陷該管上官及本衙堂官，事雖未成，情屬極惡，當依十惡懲治。”
朱載坖所說的十惡罪，主要是指的十惡中的不義罪，所謂不義，就是殺本屬府主、刺史、縣令、現受業師；吏卒殺本部五品官以上官長；及聞夫喪匿不舉哀，守喪期間作樂、穿吉服及改嫁等。朱載坖認為他們的舉動構成了不義罪，雖然未能達到目的，但是他們通過敲擊登聞鼓的形式妄圖達到自己的目的屬於情節極其惡劣，應當以既遂懲治。
最後朱載坖和在和法司臣子們商量之後，決定以不義罪將一幹人犯斬首棄市，籍沒家產。對於朱載坖的嚴厲處罰，群臣們一點都不感到意外，吏員改革是朱載坖現在最關心的事情，誰敢阻礙，朱載坖是肯定要收拾他們的。
在朱載坖懲治了鬧事的吏員之後，吏員改革就相對比較輕鬆了。
但是剛剛消停了沒幾天，都察院、戶部、工部都互相爭執起來來，原因是因為國子監的算學生員分配的問題，因為國子監的算學生員是三年學成，所以今年是第一科學成的生員畢業的時候，按照之前朱載坖的詔書，國子監的算學生員，直接進入六部和各衙門擔任流外一等上的吏員。
這點沒什麼問題，但是關鍵是應該怎麼分配的問題，因為第一科的算學生員比較少，僅有不到八十人，肯定是不夠京師衙門分配的。
戶部尚書馬森認為，戶部司掌財計，下設衙門又多，戶部本衙掌全國疆土、田地 、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。其內部辦理政務按地區分工而設司。各司除掌核本省錢糧外，亦兼管其他衙門的部分庶務，職責多有交叉。戶部本衙下設有浙江、湖廣、江西、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南十三司清吏司，此外尚有照磨所、廣積庫、內、外承運庫、軍儲倉等職司，因此又分為民、度、金、倉四科。
除了戶部本衙之外，戶部現在還設有提督海關、提督鈔關、提督鹽政、總督倉場四大直屬衙門，還有派駐九邊三大防區和各鎮的管糧郎中、主事，運河上的戶部分司等派出衙門，現在戶部需要大量精通算學的吏員到戶部任職去。所以馬森認為，這些算學生員應該全給戶部，其他衙門都得往後稍稍。
對此，都察院、工部表示馬司農你在想屁吃，左都禦史葛守禮認為，都察院肩負著監察天下不法的重任，而查緝奸佞，打擊貪墨，需要大量精通算學的吏員幫助都察院的禦史們查賬，才能將這些貪官汙吏給揪出來，所以應該緊著都察院分配。
工部尚書朱衡認為，工部司掌整個大明的工程營建，河道邊牆的修整，各種工程的預算，也需要相當數量的精通算術的吏員，但是眼下就這麼多人，怎麼分配？三位部堂大員都坐在吏部尚書楊博這裏，要求楊博解決此事。
楊博也是被他們搞的無話可說了，直接帶著他們求見朱載坖，請朱載坖聖裁此事。
朱載坖聽了他們的話，也感到有些棘手，大明現在缺乏各種粗通文墨又精通各種技術的人才，朱載坖思慮再三，覺得還是要先緊著戶部，這一科國子監算學的生員，大部分都分配給了戶部，剩餘的則是分配給了工部和都察院，同時朱載坖認為，在新考選的吏員中，選擇有算學基礎的吏員，送國子監算學科去讀書，不用三年，隻短期培訓一年，學成之後，一樣授予流外一等上的都吏，這樣也可以稍微緩解各部專業人才的缺少。
除了精通算學的人才之外，工部還缺少精於水利、工程營建方麵的吏員，朱載坖認為，這些專業技術人員，可以不拘泥於資格，隻要能夠粗通文墨，經過考核之後，由各部堂官直接上奏朱載坖，批準選取這些人為吏員，由於這些人是由堂官直接向朱載坖陳奏錄取的，就被稱為特奏名吏員。
朱載坖下令各部院衙門，清理現在急需的技術人才，由朱載坖批準之後，不經考選，不拘資格，隻要有一技之長，皆可以被選取。