海瑞命人出示各種證據，這幾日海瑞、趙誌皋、王鼎爵和陸繹、劉守孚已經將少林寺的僧人們審了一遍，獲取了一些證據。
首先就是之前少林寺的僧人離奇死亡的事情，在海瑞等人的嚴審之下，這些僧人的死亡原因也陸續浮出水麵，就是正道、悟通等人殺人滅口，為了毀滅證據，將之前和了塵有交往的僧人殺掉，以逃避官府的查問。
麵對這些證詞，正道等人無話可說，隻有沉默以對。
同時海瑞還派人在整個河南範圍內要求各州府官員曉諭百姓，凡是之前受過少林寺迫害的百姓，都可以到衙門上告，州縣、按察司衙門敢推諉塞責的，可以直接到海瑞處上告，海瑞對於這些失職官員嚴懲不貸。
海瑞要充分收集少林寺的各項罪證，同時不僅是少林寺，有關僧道惡行，都可以直接向各級官府衙門上告，各級官府不準推諉塞責，務必從公處斷。
很快有關了塵和少林寺惡僧勾結的事情就算水落石出了，海瑞還在繼續審斷有關百姓上告少林寺的各種案件，海瑞對於百姓的上告，基本上都能予以查實，隻要能夠有所證明的，海瑞就將相關人犯予以嚴懲，同時動用少林寺銀庫中的銀錢，予以賠償。
對於海瑞的這個舉動，陸繹也勸告過幾次，按照大明律律，少林寺的這些銀子，都是贓銀，按道理結案之後都是要解運道內承運庫罰贓庫中的，也就是說，這些財物理論上來說已經是朱載坖的私房錢了，海瑞這是在動用朱載坖的銀子給百姓。
對於陸繹的勸告，海瑞不以為然，海瑞說道：“聖上江海之量，豈不能容這些事情。何況這些贓銀本就是百姓的民脂民膏，這也是取之於民，用之於民罷了，此事由本憲一力承擔，與諸位無關�！�
在將少林寺的相關案情審斷完畢之後，海瑞向朱載坖具奏匯報此案的詳細情況，還有各案犯的口供等，都一並呈上了來，送朱載坖禦批。
海瑞也在奏疏中坦陳，動用少林寺銀庫的財物賠償給百姓們，海瑞認為這些百姓之前遭受少林寺迫害，而州縣官府毫無作為，雖然現在朝廷處置了少林寺，但是這件事情本就是朝廷有錯在先，若是州縣官府能夠依法履職，將少林寺的這些惡僧提前法辦，哪裏至於到這般田地。
而且這些銀子占整個少林寺的贓銀數量並不大，用些許銀錢，而收河南百姓之心，這筆賬，怎麼算都是合算的。
對於海瑞挪用少林寺贓銀的事情，朱載坖並沒有加以追究，在朱載坖看來，這並不能算什麼錯誤，百姓受到了侵害，官府就該出頭，替百姓主持公道，從少林寺的贓銀中拿出部分補償百姓，也是題中應有之義，現在的問題是應當怎麼處理此案。
朱載坖將海瑞送來的卷宗下刑部，責成三法司會審此案。
同時召見了內閣輔臣，商量善後事宜，朱載坖認為，天下的寺院，有少林寺這樣的情況的並非少數，他們可能隻是沒有少林寺的這樣誇張罷了。
朱載坖要求吏部和刑部行文地方，要各府州縣嚴查轄區的寺院庵觀，有不法事者，立即查辦，若有遷延推諉者，責成巡按禦史嚴參，其次就是對於寺院兼並土地問題，之前朱載坖對於寺院的土地是采取清丈的行為，但是經過此事，朱載坖認為這些所謂的寺院庵觀，最好是不要擁有土地的好。
朱載坖對閣臣們說道：“諸位，這些寺院庵觀，既不從事工農之業，也不教化百姓，彼輩坐擁田土，以地租為食，與蠡蟲何異？”
對於朱載坖的這個看法，閣臣們也是認可的，但是驟然沒收這些寺院庵觀的土地，會讓人詬病的，人們會認為朱載坖是為了斂財才這麼辦的。
朱載坖不以為意的說道：“背地裏罵朕的人多了去了，朕要是擔心這個，還當什麼皇帝。”
朱載坖要求除了禦賜土地之外，各寺院庵觀的土地一律沒官，按照度牒上的人數，人給五十畝耕種，多餘的土地一律入官，按律起科，這些其實對於大部分的小寺院來說是有好處的，一些隻有幾人、十幾人的寺院，反而可以獲得更多的土地，朱載坖真正打擊的就是那些大肆兼並土地的大寺院。
同時對於朱載坖來說，眼下最關心的就是禁絕所謂武僧這樣的東西，朱載坖對諸位閣臣說道：“儒以文亂法，俠以武犯禁，此常理也。彼輩武僧，倚仗武力，對抗王法，豈有此理，天下寺院，自即日起不得豢養武僧，違者以謀反論處�！�
對於這點，內閣輔臣們還是同意了，寺院擁有武力，這本就是很離譜的事情，天下的武力都要朝廷的手中，斷無什麼僧兵、武僧之說，若是向武當山這樣習武強身健體，自無不可，但是組織僧兵，豢養武僧，充當打手這種行為決不能允許。
按照朱載坖的要求，內閣和翰林院起草了詔書，朱載坖看過之後用印發出，昭告天下。
而三法司也將會審的結果上奏朱載坖了，了塵等一幹罪大惡極的惡僧，予以淩遲，悟通、正道等其餘僧人，依照罪行的不同，從腰斬到絞立決不等，而涉案的河南通省官吏，卻被三法司有意無意的避開了，三法司認為這些官吏們事涉貪墨、枉法等罪，要另案處理。
朱載坖當即將三法司的奏疏給打了迴去，並且禦批道：“三法司欺朕無知乎？所斷朦朧不明，涉案官吏，各照條法，從嚴處斷。爾等若不能斷，朕自為之！”
同時朱載坖派人暗示刑部尚書趙文華，要是不行的話就趕緊把位置讓出來，想當刑部尚書的人多了去了。
在朱載坖的軟硬兼施下，三法司終於再次擬定判決，原河南巡撫、河南布政使、按察使、按察副使、按察僉事、開封知府、登封知縣以及收受少林寺賄賂的各衙門吏員等，依貪墨、枉法等罪名，從斬立決到流三千裏不等的刑罰。
朱載坖這才禦批同意，令海瑞等人將一幹人犯立即正法。