內(nèi)閣原本是屬於翰林院的下設(shè)機構(gòu)，翰林院不過正五品的衙門。內(nèi)閣學(xué)士之所以能夠成為現(xiàn)在的百官之首，是從仁宗時代開始的，仁宗時內(nèi)閣學(xué)士以尚書銜入掌機務(wù)，遂成定例，內(nèi)閣的地位就此大幅度提高。
而到了嘉靖時期，閣臣們更是兼領(lǐng)師傅保等官，地位更加尊崇，六部尚書和都禦史無法和閣臣相比。
朱載坖對閣臣們說道：“內(nèi)閣乃朕之股肱，佐朕以治天下也，地位不得不尊崇，否則何以領(lǐng)袖群臣？故朕以為，內(nèi)閣應(yīng)為從一品衙門，位在六部、都察院之上。”
朱載坖認為內(nèi)閣的地位必須尊崇，因為內(nèi)閣是協(xié)助皇帝處理政務(wù)的，不再是翰林院的下屬單位，在品級上要壓其他部院衙門一頭，六部和都察院是正二品，內(nèi)閣就是應(yīng)該是從一品的衙門，也是大明現(xiàn)在品級最高的衙門，通過這種方式，朱載坖要確定內(nèi)閣的地位。
對於朱載坖的這個看法，閣臣們認為還是可以接受的，畢竟定內(nèi)閣為從一品衙門其實就是對嘉靖以來傳統(tǒng)的尊重罷了，雖然之前內(nèi)閣衙門並沒有品級，但是內(nèi)閣大學(xué)士加三公三孤等官，實際級別也都在正一品和從一品，朱載坖將內(nèi)閣衙門的品級定在從一品，無論是內(nèi)閣輔臣還是滿朝臣子應(yīng)該都是能夠接受的。
接下來就是內(nèi)閣的執(zhí)掌了，這是涉及到權(quán)力的事情，無論是朱載坖還是輔臣們都是很重視的，比起衙門的品級，這個才是最重要的。
朱載坖認為，內(nèi)閣最重要的職能就是票擬批答，也就是內(nèi)閣顧問之臣的體現(xiàn)，為皇帝的決策提供建議，也就是所謂代王言，這也是現(xiàn)在內(nèi)閣最重要的權(quán)力，對於這點，朱載坖和閣臣們都是沒有任何意見的，因為票擬實行以來，極大的減輕了皇帝的工作量。
國朝初年的時候，重八哥祖宗舊規(guī)，禦門聽政，凡各衙門奏事，俱是玉音親答， 以見政令出自主上，臣下不敢預(yù)也。饒是以重八哥這樣的勞模，也深感吃不消，要是沒有內(nèi)閣擬票，這些奏疏憑借朱載坖本人來處理的話恐怕累死朱載坖也處理不完。
閣臣們對票擬的建議主要在於批紅和擬票的機製問題，按照道理，閣票送至皇帝後應(yīng)由皇帝親覽親批後再下發(fā)，不能假手他人，但是實際上憲宗、孝宗、武宗時都有司禮監(jiān)太監(jiān)代皇帝批紅的情形，尤其是武宗時，由於皇帝怠惰，凡每日奏文書, 自禦筆批數(shù)本外, 皆眾太監(jiān)分批。遵照閣中票來字樣, 用朱筆楷書批之。
閣臣們認為應(yīng)當(dāng)禁絕此事，不能假手太監(jiān)，批紅大權(quán)必須由皇帝本人行使，凡是由司禮監(jiān)太監(jiān)代批的，內(nèi)閣都有權(quán)將其封駁。
朱載坖並沒有同意這個建議，朱載坖現(xiàn)在不能將司禮監(jiān)完全排除在權(quán)力核心之外，朱載坖還需要司禮監(jiān)的幫助才行。同時，人總是有怠惰的時候，即便是嘉靖、朱載坖，也都有代批的時候，隻不過嘉靖、朱載坖的代批是皇帝口授，司禮監(jiān)太監(jiān)批紅，皇帝看過之後再用印。
朱載坖認為，代批要分為兩種情況，如果是司禮監(jiān)不經(jīng)皇帝口授就代批，這種批紅，是不合法的，內(nèi)閣可以將其封還，但是經(jīng)由皇帝口授，司禮監(jiān)太監(jiān)批紅的這種情況，就應(yīng)該予以執(zhí)行，當(dāng)然，為了區(qū)別兩種批紅，朱載坖和閣臣們約定，凡是代批票擬，都要加蓋皇帝的私印，如朱載坖本人的私印就是舜齋，因為嘉靖的號是堯齋。
凡是沒有加蓋朱載坖私印的代批，一律視為違法，內(nèi)閣立即予以封還。
而接下來就是擬票的方式問題，本來之前內(nèi)閣采用的是集議製，閣臣雖有輕重之分，卻沒有首次的區(qū)別，閣臣之間的差距不是很大，票擬由閣臣共同商議而定。但是從張璁開始，內(nèi)閣首輔的權(quán)威日重，票擬逐漸成為首輔的特權(quán)，尤其是嚴嵩、夏言兩位，更是專票，票擬之權(quán)由其專斷，次輔甚至沒有參與的權(quán)力。
徐階、李春芳相對比較溫和，還能夠?qū)⑵睌M的權(quán)力分出去一部分，其他閣臣也算稍微有一些權(quán)力了，但是這些依靠首輔性格的票擬製度，還是太不靠譜了，要知道，後麵還有一個張?zhí)珟[等著呢，這位在專票這個事情，絲毫不遜色於嚴嵩、夏言，所以，無論是朱載坖還是閣臣們，都認為應(yīng)該製定一個製度，規(guī)範(fàn)票擬。
其實就是規(guī)範(fàn)首輔、次輔還有其餘閣臣之間的權(quán)力關(guān)係。朱載坖認為，首輔應(yīng)當(dāng)要有足夠的權(quán)威，才能領(lǐng)袖群臣，但是其他閣臣們也需要有一定的權(quán)力，以防首輔專權(quán)，出現(xiàn)權(quán)臣。
朱載坖的辦法是分票製，即章疏到達內(nèi)閣後由中書舍人分發(fā)給直閣大學(xué)士分別進行票擬，每名閣臣分別負責(zé)一方麵的事務(wù)，然後由首輔次輔審核，這樣一來，首輔擁有審核大權(quán)，足以領(lǐng)袖群臣，而閣臣們也擁有足夠的權(quán)力來製衡首輔，對於首輔次輔的決定有不滿的，可以直接以密疏上奏皇帝，陳述自己的意見，奏請聖裁。
對於朱載坖的這個安排，閣臣們表示滿意，實行分票製既可以保證首輔的權(quán)威，也可以在內(nèi)閣形成製衡之勢。
除了票擬批答之外，內(nèi)閣還有草擬詔敕和獻替可否，草擬詔敕其實沒有什麼說的，現(xiàn)在也基本上是內(nèi)閣領(lǐng)導(dǎo)翰林院做的，但是其中有一個內(nèi)閣重要的權(quán)力，就是封還執(zhí)奏的權(quán)力，內(nèi)閣希望以條例的形式予以承認，所謂封還執(zhí)奏，就是對於皇帝下達的上諭， 內(nèi)閣如果認為有不妥之處，可以封還上諭。
在大明有這個權(quán)力的隻是內(nèi)閣和六科，但是六科的封駁權(quán)是有明確法律保障的，但是內(nèi)閣的封駁權(quán)就是很朦朧的，內(nèi)閣希望通過法令的形式予以承認，朱載坖答應(yīng)了這個意見，給予內(nèi)閣以封駁執(zhí)奏的權(quán)力，並且規(guī)定皇帝不能因為封駁而加罪於閣臣、科臣。