朱載坖收到這些消息之後，極為憤怒，好家夥，不敢明裏抵製，現在搞消極抵抗是吧，朱載坖的態度很明確，不管是消極還是積極，隻要是對抗朝廷，就要受到懲罰。
朱載坖召見了高拱、張居正等人，將廠衛的匯報給兩位閣老看，朱載坖說道：“彼輩無法無天，藐視朝廷，如不重懲，何以明法令？”
朱載坖準備出重拳收拾這幫不知趣的商人，但是卻被高拱、張居正給勸阻了，高拱張居正勸阻朱載坖的原因也很簡單，他們認為治國不能一味剛猛，尤其是朱載坖之前經常動用廠衛、官軍，對反對朝廷政策的人予以殘酷打擊，在朱載坖剛剛即位的時候，為了建立威信，是可以而且應該這麼做的，隻要這樣，才能讓那些士紳們知道朱載坖這個皇帝的威嚴。
但是現在朱載坖早就已經建立起來自己皇帝的威嚴了，而且這次商賈和士紳們采取的消極抵抗的策略，沒有跳出來直接和朱載坖作對，在這種情況下，朱載坖也動用廠衛官軍的話，未免讓人認為朱載坖過於嗜殺，對於朱載坖本人的形象不利。
同時高拱、張居正等人也有自己的看法，就是不能讓朱載坖殺得太順手了，朱載坖要是殺這些商賈殺順了手，轉頭就用這招對付大明的官員們，那豈不是又迴到重八哥的時代了，太可怕，所以高拱等人一定要勸阻朱載坖，認為處理這些事情，要盡可能的動用行政手段，而不是出動官軍加以鎮壓，高拱、張居正認為這樣會導致大明的人心不穩，士紳、豪商朝不保夕，對於大明並沒有好處。
朱載坖知道此事也確實不好辦，所以責令高拱等人想辦法解決此事。
雖然朱載坖答應高拱休養生息，但是盡管朱載坖不想在這兩年大動幹戈，但是有些事情不是朱載坖能夠決定的。隆慶八年六月初六，四川都掌蠻在酋長阿大、阿二、方三的率領下發動叛亂，高、珙、筠、戎四縣的都掌蠻起兵反叛，揚言大明公差再來寨中征糧，便要報複。其後將進山公差捆綁在樹上，亂箭殘忍射殺，爾後攻占郡縣。都掌蠻諸寨起兵擄掠江安等縣，巡撫四川都禦史譚綸向朝廷告急，請求速發援兵，剿滅掌都蠻。
之所以這次都掌蠻能夠順利起兵，主要是因為之前大明為了征討緬甸，從四川征調了大量軍隊，導致川中空虛，而都掌蠻，雖然在成化朝被官軍剿滅過一次，嘉靖年間以來，生齒日繁，逋逃助惡，每每騷動。縣官隨剿隨叛，愈撫愈張，現在已經到了公然反叛的地步了。
據譚綸的奏報，都掌蠻有淩霄城、都都寨、雞冠嶺、九絲城計四個主要據點。淩霄、都都皆為九絲外戶，雞冠嶺為九絲羽翼，九絲城為都掌蠻核心城池。
作為巡撫四川都禦史，譚綸主張堅決鎮壓，譚綸在奏疏中說道：“戎、連、高、珙都蠻之患，其來已遠，先年征之，率屬茍且了事，以致懲艾未深，遺孽複肆。良為可恨！”
譚綸請求朝廷征調大軍，剿除都掌蠻，才能夠使得四川徹底安定下來，對於譚綸的上疏，朱載坖予以支持，認為這是真知灼見，朱載坖當即禦批道：“當遣能臣大將以討平之，鏟削禍本，席卷雲徹。”
對於此次征討都掌蠻的主帥，自然就是譚綸莫屬了，譚綸在奏疏中推薦劉顯，認為他能夠對付都掌蠻，同時譚綸還在奏疏中請求道：“故始終勝蠻，鳥銃之功為最，蓋蠻聞銃聲，不見其中，藥彈內潰，乃始覺之，以故銃響即膽喪。”
要朝廷調撥大量的火器，用於對付這些都掌蠻，至於平定都掌蠻的費用，譚綸也做了一個估計，在奏疏中稱：要籌集餉銀74萬餘兩，軍糧30萬石，從四川、貴州等地一共征調十餘萬大軍，對其展開絞殺。
朱載坖將譚綸的奏疏下部議，兵部同意譚綸的主張，認為應當對都掌蠻展開大規模的剿滅，將其剿滅之後，改土歸流，設置州縣。
但是戶部認為譚綸所要求的軍餉錢糧實在是太多了，七十多萬兩的餉銀，還要從四川、貴州、陝西、廣西、雲南等處抽調十餘萬大軍進剿，這耗費太大，僅僅為了一個都掌蠻，是否值得？
朱載坖對戶部的看法予以了駁斥，朱載坖下旨給戶部尚書劉體乾道：“都掌蠻叛逆，明是挑釁大明，若不以大軍進剿，恐諸夷效仿，自從愈加不可製也！”
朱載坖下旨，升譚綸為兵部尚書兼右都禦史，總督四川等處軍務事兼督理糧餉，調集廣西、貴州、雲南以及四川當地精兵，調劉顯為提督四川全省水陸軍務事總兵官配平蠻將軍印，進剿都掌蠻，劉顯所遺提督緬甸水陸軍務事，由黔國公沐昌祚暫代，令黔國公沐昌祚護征南將軍印。
發內帑銀二十萬兩，調府軍前衛和神機營左哨兩軍參戰，同時從京師府庫中運送火銃、火炮等軍器，支援四川。
朱載坖的上諭下達之後，朝廷裏不少人都認為朱載坖的反應過於激烈了，對於一個小小的都掌蠻就這麼大動幹戈，但是懾於朱載坖的權威，敢於上疏的臣子並不多。
但是不等於沒有，翰林院檢討趙用賢上疏，他在奏疏中列舉了朱載坖即位以來用兵的記錄，他認為朱載坖自從即位以來，東南西北，無處不用兵，雖開疆拓土，實虛耗大明。邊臣借以討好朱載坖，好撈取爵祿，這次就是如此，明明都掌蠻一個小部落，不必大動幹戈。
但是朱載坖就偏聽偏信譚綸的，調遣大軍，甚至動用內帑、京軍，前往討伐，這般窮兵黷武，大明吃棗藥丸。
朱載坖攬奏大怒，隨即給錦衣親軍都指揮使陸繹下旨：這廝出名搏位，著錦衣衛拿在午門前，著實打一百棍，以儆效尤！
朱載坖的上諭剛剛下達，內閣次輔張居正就來求情了。