除了這些事情之外，最重要的就是緬甸、夷洲、哈密、大寧的移民問題，現在經過朝廷的整頓之後，北方的流民減少了很多，現在的問題是百姓不夠了，倒不是說大明沒有人了，對於大明來說，人口依然是有的，尤其是在北方，很多的百姓依然生活的很困難。
但是地方州縣的官員並不願意百姓大量的移民走，因為朝廷對於州縣的考核中，錢糧始終是最大的方麵，對錢糧找誰繳納？還不是得處在百姓的頭上，要是百姓大量移民走了，官員的考績就無法完成，在現在的吏部考成中，要是連續三年得了下等，那是要被降調的。
為了自己的烏紗，官員們當然不願意百姓遷走了，不僅是官員們不願意，地主士紳們也不願意，之前是百姓們多，土地少，地主們不愁找不到佃戶，但是隨著朝廷大量的向遼東、大寧等地移民，山東、河北、河南等地的流民大量的被朝廷遷移到遼東、遼南去了，原本在京師附近的大寧都司諸衛也搬遷到了遼河河套去了。
現在北方人地矛盾已經得到解決了，同時朝廷在天津、順天府興辦的大量工場也需要大量的人力，這些都導致直隸、山東、河南等省份的勞動力不足，地方官員紛紛向朝廷上疏，請求暫停向遼東等地的移民。
不僅是北方，在南方也是如此，由於海上貿易的開展，整個南中國的經貿往來特別活躍，大明的絲綢、瓷器、茶葉、布匹都是非常暢銷的貨物，大量的勞動力進入各種工場之中，這使得大量的百姓從農村進入工場之中，對此很多地方官員都感到極為憂慮。
不少人在給朱載坖的上疏中都認為大量的百姓舍本逐末，會導致大明的糧食生產出現問題，因為江浙等地原本就是大明的糧倉，現在對於大明來說蘇鬆的百姓認為進入工場做工比種田要掙得多，所以大量的勞動力都湧向城市，蘇鬆等地已經從糧食的出產地變成了糧食的進口地。
很多大臣們對於此事是極為憂慮的，他們認為糧食是最重要的物資，一旦沒有糧食，到時候是要出大事的，商賈百姓短視，朝廷不能短視啊。
尤其是對於夷洲的經略，進行的並不順利，福建等地的百姓對於移民沒什麼興趣，塗澤民這麼多年也僅僅向夷洲移民了一萬戶，在夷洲也隻設立了兩縣加以管轄，現在很多官員都上疏朱載坖，對於現在大明可能出現的糧食危機深感憂慮。
這可不是小事，糧食問題絕對是大事，朱載坖命令巡撫浙江都禦史蔡國熙和巡撫南直隸都禦史楊繼盛，調查此事，收到朱載坖的命令之後，蔡國熙和楊繼盛立即詳細調查了相關的情況，隨後向朱載坖上疏了。
現在浙江和南直隸，確實出現了百姓不願意種糧的情況，因為種桑養蠶甚至是種植棉花的收入都比糧食要高的多，同時大量的百姓從農村來到城市，脫離了土地，也導致浙江、南直隸等處的糧食產量下降。
與糧食產量下降相對應的就是糧價的上漲，現在蘇鬆等地的糧價已經漲到了每石六錢四分的高位，這還是最近蘇鬆風調雨順的情況下，要是一旦發生災荒，糧價立即就要暴漲的，所以楊繼盛和蔡國熙也認為這種情況要加以幹涉才行，他們上疏朱載坖，請求朝廷要對這種事情采取措施，畢竟蘇鬆等地是大明的糧倉。
對於糧價的上漲，朝廷的反應還是很快的，不管是內閣還是戶部等有司衙門，迅速的上疏朱載坖，要求重視此事，查明現在浙江、南直隸的糧食生產情況。
很快在朱載坖的上諭下，戶部行文蘇州府、常州府、鬆江府、嘉興府、杭州府、湖州府六府，要求當地衙門排查各府州縣糧食種植的情況，查明糧價快速上漲的原因。
朱載坖也和內閣、戶部還有東南出身的官員討論東南糧價快速上漲的原因，其實朱載坖很清楚，糧價快速上漲的原因主意就是兩點，開海之後，大量的白銀湧入大明，導致通貨膨脹，現在不僅僅是糧價在漲，各種商品也都在漲價，隻是糧食的漲幅最大罷了。
還有就是大量百姓湧入城市打工，放棄了土地，農村的土地，即使在耕種的，也是種植桑蠶和棉花的多，畢竟這兩樣可以獲取更高的收益。
南直隸州縣的奏疏也很快到了朱載坖的案頭，和朱載坖猜想的差不多，東南府州糧食產量減少的最主要原因就是糧食播種麵積的減少，太倉奏報：耕地宜稻者十之六七，皆棄稻種花。
鬆江府和附近州縣的情況就更加惡劣了，鬆江府上海縣和嘉興府崇德、桐鄉一帶，稻田麵積的減少也主要是受棉花種植的排擠，沿海官民軍灶共墾田大約200萬畝，其中大半用於種棉。
鬆江府在奏報中稱：“吾邑地產木棉，行於浙西諸郡，紡織成布，衣被天下，而民間賦稅，公私之費，亦賴以濟。故種植之廣，與粳稻等。”
鬆江府的棉花播種麵積已經達到了鬆江府田地麵積的一半，除了棉花之外，桑蠶也會影響糧食的播種，不過和棉花比起來，桑蠶的影響要小的多。
嘉興府除崇德、桐鄉外，秀水縣養蠶之風亦很濃厚，三至四月間因村婦多養蠶，故當地俗稱四月為“蠶月”，湖州府的桑蠶養殖更加興盛，農家歲計，唯賴以蠶，蘇州府吳縣、昆山、吳江一帶， 養蠶之家亦不少，尤其是吳江縣，有“蠶桑盛於兩浙”之諺，養殖桑蠶雖然不占用耕地，但是對於人力的需要是極大的，也會影響到糧食的耕種。
經過統計，僅蘇州、鬆江兩府，比國初種植水稻的麵積就減少了七百萬畝，相當於減少了五分之一的耕種麵積。不僅是水稻的減產，蘇鬆等地的小麥也大量的減產。