雖然朱載坖自以為自己做的很隱秘，給劉忠下達的都是密旨，但是南京大規模的修繕宮殿，怎麼會不引起有心人的注意，大明的這幫官員，各個都是人精，立馬就有人上疏了，認為朱載坖作為天子，要呆在京師才是，不要亂說亂動。
這次跳出來的主要是南京都察院的禦史們和南京的官員們，他們聯名給朱載坖上疏稱：“夫古帝王所以廵狩者，協律度、同量衡、訪逸老、問疾苦、黜陟幽明、式序在位、無非事者。是以諸侯畏焉，百姓安焉。近日，忽聞南京宮殿之修葺，臣等竊以為陛下南巡之意明也！”
上來就直接給朱載坖上強度，強調古代賢明的君主，之所以巡幸四方，那都是有目的的，但是朱載坖這樣偷偷摸摸的修葺南京的宮殿，這顯然和古代賢明的君主不一樣的。
接下來他們就開始論述了，他們在奏疏中陳述：“是以今聞南廵，衢路之民，莫不逃竄。而有司方以迎奉為急，竭其才力，以供萬一；群聚嘯唿，為禍不細。由此觀之，則陛下廵狩，非古聖帝明王之舉，而幾於秦皇漢武之遊，博浪柏穀之禍不可監哉。事幾著明，非特臣等數人知之，中外之人莫不知也。然大臣知之而不言，小臣言之而未盡，其誌非恭順也。是以陛下之誌，不可挽矣。天下之事，不可為矣。”
他們認為朱載坖想要南巡無非就是貪圖享樂，而朝廷上的大臣們知而不言，裝聾作啞，隻有他們這些忠臣才願意冒死諫言，勸阻朱載坖不要南巡。
隨後他們還大表忠心，在奏疏中稱：“伏願憐察臣等愚衷，降悔過之詔，絕遊幸之念。日親經筵，修明治政；教養國本，戒飭庶官，以永太平之治。則陛下真樂豈有過此，而複求之汙漫之遊哉？”
朱載坖對於這些奏疏，采取的態度就是留中不發，根本不予理睬，朱載坖很清楚，一旦搭理了他們，他們就會立馬蜂擁而來，朱載坖才不上他們這個當呢。
但是朱載坖不搭理他們，內閣已經坐不住了，皇帝南巡這可不是小事，高拱等人趕緊前來詢問，朱載坖也坦陳自己想要去南京的想法，而且這次不僅僅是朱載坖一人前往，皇太後、皇後以及皇次子朱翊鈞都要前往南京，朱載坖的理由是奉養皇太後，以盡孝道。
畢竟杜太後從入宮以來就沒有出過宮，朱載坖當了皇帝，帶自己的母後出去巡遊一番，雖然耗費不菲，但是也算是情有可原，而且一路上的花銷都是由內承運庫開支，並不動用太倉銀兩。
除了名義上的奉養太後之外，朱載坖是想實地前往南京，了解相關情況，尤其是各種商稅應當怎麼征收才好，朱載坖很清楚，抗稅可是東南的老傳統了，朱載坖很清楚，雖然朱載坖已經多次收拾過東南的士紳們了，但是蘇鬆等地的新興工場主們還沒有吃到朱載坖的恩情，說不定對朝廷缺乏敬畏，朱載坖親自駕臨南京，以威臨之，才能夠保證稅收能夠順利的進行。
高拱等人還是認為朱載坖以萬乘之尊，千裏奔波，實在是有些說不過去，朱載坖倒是認為沒什麼，這兩年朝廷相對安定，沒有什麼大事，太子正好監國，在高拱等人的輔佐下，鍛煉一下他的政治能力，朱載坖也借此檢驗一下官軍長途機動的能力，並沒有什麼壞事。
朱載坖決心已定，高拱等人也不好說什麼，反正時間還早，就算是南巡，也要等到明年開春之後了，現在比較麻煩的事情，是有關西夷的的。
呂宋遣使大明，向大明哭訴佛郎機侵占呂宋，隆慶四年，呂宋國王蘇萊曼在海戰中陣亡，隆慶五年，大佛郎機（西班牙）在呂宋設立總督，正式吞並了呂宋，但是在呂宋島上還有殘餘呂宋勢力，在得知大明駐軍暹羅、占城之後，呂宋國的殘餘勢力遣使大明，請求大明幫助他們複國，驅逐佛郎機人。
朱載坖對此事毫無興趣，現在大明確實是沒功夫跑到萬裏之外去幫助呂宋複國，重臣們也是這樣認為的，但是人無傷虎意，虎有害人心啊，呂宋被佛郎機占領了之後，大明在呂宋還是有很多華僑的，佛郎機在呂宋的總督桑德斯通過這些華僑打探大明的情況，主張武力侵略大明。
根據這些華僑送來的情報，桑德斯向佛郎機國王奏報：我們全體皇上陛下的奴隸和臣屬，都頗為確信。當你在位的時候，中國將會隸屬於陛下。基督教將要在這個地區傳布和高舉，陛下的領域將會擴張。這一切將在一個很短的期間內實現。如果陛下有意對該國中國加以勘測，我隻要有兩條船，每艘二百五十噸，每船有兵士四十名，以及所需要的武器、彈藥和糧食便可以從命。
這些華僑傳迴來的消息，使得大明臣子們不得不加以重視，朱載坖說道：“此輩狼子野心，久以昭彰，然華僑之言，不可不信，亦不可全信，朕看佛郎機一時半會兒還沒有足夠的實力對大明動手，大明水師也不是泥捏的。”
但是此事給朱載坖敲響了警鍾，朱載坖也要求繼續給水師增加軍費，建造大型遠洋戰艦，以備不時之需，同時朱載坖為了防備佛郎機對在呂宋的華僑動手，命令廣東水師聯合緬甸水師和駐占城、暹羅的官軍，組織巡邏，耀兵於海上，震懾佛郎機。
還派遣官員和船隻，將呂宋的華僑接往緬甸，宣傳隻要華僑願意來緬甸，每人給予土地五十畝，五年免征，將這些華僑遷移到緬甸去，以免遭到佛郎機人的毒手。
當然，雖然現在大明不可能幫助呂宋複國，但是呂宋畢竟是大明的藩屬，大明還是是有一點態度的，朱載坖敕令禮部，給佛郎機人行文，告知他們，呂宋自古以來就是大明的藩屬，大明對於佛郎機侵略呂宋的行為表示嚴正交涉，強烈譴責，表明大明的立場和態度，希望佛郎機和大明相向而行，不要背道而馳。