君臣商量之後認為是可行的，朱載坖隨即命殷士儋和葛守禮商量此事，看科道需要多少言官，由翰林院派人輪替，朱載坖認為，去科道的翰林官，必須將六科和十三道監察禦史都擔任一遍，還要有巡按禦史的經曆才行。
隻有讓他們下到基層去，真正見識了大明的基層官員是什麼樣子，大明的百姓又是什麼處境才能夠使他們再日後的宦海生涯中有所幫助。
朱載坖還特地下詔，翰林官充任科道言官，不準空言塞責，人浮於事，無論是在六科還是十三道，必須要有切實可查的成績出來，也就是必須要有彈章上奏，在結束科道任職之後，迴到翰林院的翰林官們也要向朱載坖上疏陳述他們在地方的所見所聞。
同時官員們的津貼方案也終於出爐了，經過內閣、戶部、吏部的會商，終於擬定了一份官吏津貼的方案，這次官員的津貼方案，以職務為準，從內閣學士到流外三等下的吏員，全部都有津貼，當然，根據朱載坖的意思，津貼主要向六品及以下的官員和吏員傾斜。
對於科道、翰林院等清貴官員，六部的中下級官員和吏員，地方的州縣官員和吏員，還有海關、鈔關、鹽政、倉場等衙門的官員，根據所處位置的不同和工作量的大小，分門別類的給予津貼，基本上相當於現在官員俸祿的一半，對於吏員的工食銀，增加的更多，基本上保證了吏員和生活。
同時之前比較窮困的科道、翰苑官員的生活水準也得以改善，官吏的俸祿支出大為增加，根據新的津貼則例，官吏的俸祿支出要增加一百餘萬兩，對於官吏們來說，這還是大明開國以來，朝廷第一次漲工資，這次朝廷的新政，罕見的沒有任何人提出異議，迅速獲得通過。
當然由於今年的財政有盈餘，朱載坖還是再次在朝廷官員們發放了恩俸，所有官員們發放一月恩俸，九邊官員、鹽政、海關、鈔關、倉場官員兩月恩俸。
給官吏們加了俸祿之後，就該朱載坖出刀了。
隆慶六年的第一道詔書，朱載坖就殺氣騰騰的表示：邇來法紀傾頹，官吏貪墨，朕所素知也！此天下之大病，生民之頑疾也。朕承太祖之遺誌，律有明條，前有未盡者，務必照大明律從重處斷，凡官吏枉法貪墨，俱照大明律處斷，凡追贓不及者，除人犯正法之外，將家人充軍，以盡追贓，凡前有法條者，俱以大明律為準。
朱載坖向天下官吏們再次重申了大明律有關貪贓犯罪的處罰措施：監守盜貪墨，刑贓四十貫，斬；枉法受財，刑贓八十貫，絞；不枉法受財，刑贓一百二十貫，流三千裏杖一百；坐贓，刑贓五百貫， 徒三年，杖一百。
朱載坖還在詔書中明確說明，自詔書發布之日起，半年內，主動向上司交代罪行，並且將贓銀贓物繳納歸公者，可以免予處罰，同時朱載坖還要求刑部、都察院、大理寺以及地方法司衙門，在審理貪墨犯罪時，行賄、受賄同罪，一並論處，凡是因貪墨被判處的官吏，永不敘用，有功名者一律削籍，在追贓未盡之前，其子孫不準參加科舉。
同時朱載坖命令都察院和科道，率先對戶部、兵部、刑部、工部、總督倉場、提督鹽政、提督海關、提督鈔關、總督河漕等衙門和南北直隸、浙江展開清查，重點就是刑名和錢穀兩項，嚴查貪墨和枉法之事。
向這些衙門和地方增派巡按禦史和給事中，要求涉及的衙門和地方必須配合科道的工作，同時派出錦衣衛協助這些禦史和給事中們清查賬目案件。
在朱載坖的親自點將下，翰林侍讀學士王錫爵充戶科都給事中，核查戶部賬目，翰林侍講學士申時行充刑科都給事中，核查刑部案件，翰林侍讀學士餘有丁，充工科都給事中，核查工部賬目。
翰林編修許國，充南直隸巡按禦史，翰林編修王家屏，充浙江巡按禦史，翰林編修沈一貫，充浙江道監察禦史，翰林檢討沈鯉，充刑科給事中，翰林編修朱賡，充工科給事中，翰林侍讀學士趙誌皋，充戶部給事中巡視提督倉場衙門，翰林編修張位，充戶科給事中，巡視提督鈔關衙門，翰林編修於慎行，充戶科給事中，巡視提督鹽政衙門，翰林修撰陳於陛，充戶科給事中，巡視提督海關衙門。
而在朱載坖的詔書下達之後，最先響應朱載坖詔書的居然是嚴世蕃、趙文華、鄢懋卿、胡宗憲等人，他們紛紛通過密疏，向朱載坖表示，自己曾經在嘉靖年間有過貪墨，現在向朱載坖繳還貪墨所得的銀兩，請求朱載坖依律懲處他們，嚴世蕃繳還了十萬兩，趙文華、鄢懋卿繳還八萬兩，胡宗憲繳還六萬兩。
對於他們的懂事，朱載坖也表示滿意，在批答他們的密疏中，朱載坖表示，卿等忠誠，朕已俱見矣！所獻銀兩，交內承運庫收儲，至於世廟時舊事，朕自不追究，卿等奮勉勠力，·朕必有所報也！
在朝廷的強大壓力下，也有不少官員向朝廷退繳贓銀，但是朱載坖相信，還有大量的人在觀望，看朝廷是不是要動真格的，對於這種人，不見棺材不落淚的。
麵對朱載坖的整肅吏治的決心，朝廷上下都在議論紛紛，很多人認為這次恐怕又和當年太祖朝一樣，要大開殺戒了，當然也有人認為不過是雷聲大雨點小罷了，真要以貪墨來論的話，大明有幾個真正的清官？
朝廷還要不要幹活的，總不能把滿朝官員都罷黜、流放、殺頭吧？
這種想法，在朱載坖提出整肅吏治的時候就有人提出來了，不過朱載坖在和閣臣們商量之後，還是覺得要大規模的整肅吏治，當然，朱載坖的整肅吏治和太祖皇帝的肅貪是有不同的。