朱載坖在和內閣輔臣們還有三法司官員們商量之後，決定重點收拾幾種情況的官員，一是擅自增加火耗、羨餘，殘害百姓的官員，二是收受財物，枉法判案，草菅人命的官員。
三是侵吞國帑、軍餉，損公肥私的官員，四是官商勾結，禍亂地方和朝廷法度的官員。對於這些官員和向他們行賄的不法商人、士紳，朱載坖都要求法司予以嚴懲。
朱載坖對刑部尚書趙文華、大理寺卿趙貞吉和左都禦史葛守禮說道：“法司不要殺人，按大明律予以處斷就行，定案一起，報朕勾決一起，就處決一起的人犯，朕看他們還敢不敢伸手了！”
同時針對朱載坖最擔心的軍餉問題，朱載坖以密詔令九邊的提督、總兵用密疏向朱載坖檢舉在軍餉糧秣轉運過程中的貪墨問題，尤其是大明的頑疾，漂沒，朱載坖之前已經再三諭令戶部及戶部駐九邊的管糧郎中、主事，朝廷要求轉運的銀兩、糧秣都是實到之數，如果再有漂沒這種陋規被朱載坖發現，朱載坖就要以侵吞國帑從重治罪。
朱載坖在密旨中說明，如果是因為戶部解運的軍餉糧秣不足，九邊將官及時檢舉，朱載坖不會加罪，但是由於九邊將官不檢舉，而導致軍士逃亡，甚至士卒嘩變的，朱載坖就以同謀將九邊將官們一道治罪。
朱載坖還下詔，令被巡視的衙門和地方主官，各自自查，若有貪墨情弊等，及時處斷，朱載坖不會追究堂官正印的責任，但是若是被科道所查出來了，那就要照朝廷製度追究正印的責任了。
朱載坖還親自召見了要到科道去任職的翰林院官員，並為之設宴壯行，朱載坖執杯說道：“諸位都是翰苑菁華，朝廷儲相，朕將朝廷興利除弊之大事，交付與諸位了！”
朱載坖滿飲一杯之後，下令給這些翰苑官員賜酒，以壯行色。
第二天，留在京師的翰林官們就分赴各衙門巡察去了，而出任地方巡按的翰林官們也在錦衣衛的護衛下奔赴地方。
朱載坖對於他們報以厚望，希望他們能夠得到曆練，成為之後朝廷的梁棟之材，朱載坖還在和閣臣們打賭，誰能夠第一個向朱載坖上彈章，李春芳認為是王錫爵，因為李春芳對於王錫爵還算了解，王錫爵本身就是剛烈正直，不阿權貴的個性，這次又是被朱載坖派到了戶部這樣一個要害衙門，應該是很快能夠出成果的。
但是沒想到第一個向朱載坖上彈章的事刑科都給事中申時行，而且他上來就是直接彈劾刑部尚書趙文華和原任刑部右侍郎，現任南京刑部尚書王世貞，著實是令朱載坖刮目相看，朱載坖一向認為申時行是和李春芳一樣的悉尼大學高材生，不怎麼激進的，沒想到不聲不響給朱載坖整了個大活。
朱載坖連忙仔細閱讀了申時行的彈章，申時行是檢查刑部卷宗的時候發現了一樁案子，隆慶三年的汝寧府僧人謀財害命案。
事情的起因是汝寧府有一座崇光寺，該寺以住持料塵為首的闔寺僧人，謀害富商，因為這些富商大多信佛，外出走商攜帶大量銀兩時，都願意住在寺中，因為他們認為，佛家乃是淨土，最為安穩，也正是這種想法，給了塵等人提供了方便，連幾個月前蒙城富商李允才也是被崇光寺的和尚所害，這些年他們劫掠的銀兩有數十萬之多，了塵因此還娶妻生子，開了錢莊。
而令人嘖嘖稱奇的是，崇光寺的住持了塵法師是汝寧府的僧綱司都綱，負責一府的僧事。
此案案發之後，經過汝寧府、河南提刑按察使司審理，了塵及寺中四十三名僧人被判腰斬，現在已經經過刑部複審，準備送大理寺複核了。
按說案子已經算是清楚的了，各種人證物證俱在，了塵等人也已經認罪，事情就算是了結了，但是申時行還是從中發現了問題，這個了塵，怎麼變成僧人的？甚至還成為了汝寧府的僧綱司都綱，這其中是否有情弊？無論是汝寧府的官員，還是河南按察司的官員，都沒有繼續往下追查。
而當然負責複審此案的刑部右侍郎王世貞也是就按照河南的卷宗，予以批準就行了，申時行認為這顯然不行，了塵能夠在汝寧府瘋狂作案四十多起，還成為了汝寧府的僧綱司都綱，這不是很蹊蹺的事情嗎？
四十多個大活人，而且是富商不見了蹤影，朝廷的有司居然查不到任何的蹤跡，最後還是憑借汝寧府同知鄧昭無意之中才揭破了此事。
當地的官府沒有深究細查此案，也就罷了，河南提刑按察使司也不深究細查，刑部也是草草結案，準備將這一幹僧人身送法場，就算將此案了結了。
天下這樣藏汙納垢的寺院還有多少？汝寧府這樣的謀財害命的寺院還有多少，汝寧府查過嗎？河南按察司查過嗎？刑部查過嗎？
申時行認為這是嚴重的失職，刑部執掌天下刑名，本應防微杜漸，而趙文華、王世貞等人也對可能發生的命案視若無睹，申時行向朱載坖請求，以此案為契機，嚴厲整頓僧道寺院，嚴查那些藏汙納垢的寺院庵觀。
對於申時行的上疏，朱載坖認為很有道理，了塵一個喪心病狂的兇徒，能夠成為汝寧府的僧官，這其中沒有貓膩，才是怪事。
而且朱載坖也很清楚申時行為什麼如此激動，這也和申時行的身世有關，申時行的生父是蘇州富商申士章，其生母據傳是一名尼姑，後為蘇州知府徐尚珍所收養。
他的出身使得申時行對於僧侶、佛教天然的反感，朱載坖也認為可以借此案子再深挖細查，借機整頓一下這些禿驢。
於是朱載坖下旨，刑部尚書趙文華、原刑部右侍郎南京刑部尚書王世貞申斥、奪俸一月，河南按察司、汝寧府相關官員降一級留用，遣錦衣衛複審此案。