對於趙貞吉的看法，理藩院署院事茅坤並不認(rèn)同，他對朱載坖說道：“陛下，臣以為事涉宗係，於朝鮮為至重之事，於大明亦是如此，大明為天朝上國，理應(yīng)辨明冤枉，若事情屬實(shí)，可以安撫朝鮮，使之誠心歸順，若事不屬實(shí)，則以明示朝鮮，以絕其望也！”
茅坤認(rèn)為大明應(yīng)該重視此事，將此事認(rèn)真的查一查，若是屬實(shí)，就應(yīng)該予以改正，正好可以安撫朝鮮，若是朝鮮人編的，也好讓朝鮮人不再糾纏此事了。
朱載坖認(rèn)為茅坤說的確實(shí)是個辦法，便命令翰林院、禮部、理藩院詳查此事，將此事的來龍去脈搞清楚，由大學(xué)士陳以勤負(fù)責(zé)此事。
同時給朝鮮下旨，他們既要申訴所謂的宗係辯誣之事，就要向大明提供相應(yīng)的證據(jù)來說明此事，同時令王錫爵在朝鮮就近調(diào)查此事。
很快翰林院就將皇明祖訓(xùn)上的有關(guān)朝鮮宗係問題的由來搞清楚了，並且條陳上疏到朱載坖的案頭了，李成桂在正式篡奪高麗政權(quán)之前，先是擁立了一個傀儡恭讓王，這引起了當(dāng)時仍然忠於高麗的一些臣子的不滿，兩個高麗官員尹彝、李初逃到明朝，控訴恭讓王非高麗王室子孫，而是李成桂的姻親，在廢立後圖謀侵犯大明，又說李成桂是高麗已故權(quán)臣李仁任的兒子，希望大明能出兵討伐。
雖然太祖皇帝並沒有出兵，但是相信了這兩個高麗臣子的話，認(rèn)為李成桂是李仁任之子。
因?yàn)樵谔嫜壑校啕愐菜闶潜容^親近大明的藩屬了，朱元璋即位之後便遣使賜璽書，又送還高麗流人，向高麗表達(dá)和平誠意，高麗國王王顆也向大明朝貢，接受大明冊封，奉明正朔。所以最開始太祖認(rèn)為高麗人知經(jīng)史，文物禮樂略似中國，非他邦比。
但是很快，高麗國內(nèi)政局就發(fā)生動蕩，親元的李仁任弒君，另立國王，再次向大明請求冊立，這導(dǎo)致了朱元璋的不滿，朱元璋當(dāng)即拒絕了李仁任的要求，並且說道：“其弒君已久，今始請諡，將假吾朝命，鎮(zhèn)撫其民，且掩其弒逆之跡，不可許。”
由此大明和高麗的關(guān)係急轉(zhuǎn)直下，李仁任等親元勢力膨脹，崔瑩秉權(quán)後又有攻遼企圖，洪武二十年，大明在遼東設(shè)置鐵嶺衛(wèi)，激起了兩國在遼東邊界上的衝突，高麗國王停用洪武年號，恢複元朝冠服，命令崔瑩、李成桂率軍進(jìn)攻遼東，李成桂認(rèn)為不能和大明開戰(zhàn)，於是發(fā)動兵變，弒君殺臣，先後立辛昌、 王瑤為王，李成桂掌控高麗大權(quán)。
在李成桂自立之後，一直采取依附大明的政策，但是太祖皇帝對於高麗四位國王連續(xù)被廢被弒及李成桂在邊界挑起的事端極為厭惡，雖然李成桂一再請求大明冊封，但是終太祖一朝，對於朝鮮都是極為冷淡的。
太祖在給李成桂的詔書中明確說道：“為昔高麗陪臣李仁任之嗣某，今名某者，今觀李某所為，似非奉帝命主生民者，彼若肆侮不已，問罪之師，在所必舉！”
李成桂當(dāng)時就上疏辯駁了，李成桂在給太祖皇帝的奏疏中說道：“臣於仁任，本非一李。自臣與聞國政，將仁任所為不法，一皆正之，反為其黨所惡，至有尹彝、李初逃赴上國，妄構(gòu)是非，尚賴陛下之明，已伏厥罪。然其黨與，潛伏中外，忌臣所為，至今紛紛不己。”
但是太祖並不相信李成桂的說法，還是相信尹彝、李初的說法，並且通過皇明祖訓(xùn)將李成桂的出身問題及弒殺高麗四王的問題確定下來，這就造成了朝鮮的所謂宗係辯誣的問題。
同時，成祖當(dāng)時準(zhǔn)許改正的承諾和《大明一統(tǒng)誌》的更改成為後來朝鮮圍繞《大明會典》辨誣的依據(jù)和明證， 常被朝鮮使臣在辨誣奏文中提及。這就讓大明君臣確實(shí)是很為難了，一麵是太祖萬世不易的皇明祖訓(xùn)，一麵是成祖的上諭，確實(shí)是讓後世的君臣難辦，他們都相信後人的智慧，但是現(xiàn)在應(yīng)該怎麼辦？
朱載坖很清楚，看起來這是朝鮮王室的所謂宗係問題，但是實(shí)際上是朝鮮的正統(tǒng)性問題。現(xiàn)在由於年深日久，李成桂的出身問題和他弒君的問題已經(jīng)糾纏在一起了，這事得難點(diǎn)就在於，李成桂的篡位確實(shí)存在弒君行為，而李仁任也曾弒君，所以這也是太祖願意相信李成桂乃其子的原因，若兩者有其一成立的話，那麼就很容易造成另一方麵也是事實(shí)的印象，這對於朝鮮王室來說是難以接受的。
畢竟一個接連弒君的開國之君，會使得朝鮮王室的正統(tǒng)性不足。而民間野史是最樂於傳播這些的了，所謂野史不一定是史，但是肯定夠野，這種什麼父子弒君的倫理大戲，怎麼可能不是百姓喜聞樂見的，所以不僅是皇明祖訓(xùn)對此事予以記錄，大明的很多官員們也相信此時。
在朝鮮方麵的奏疏中，就羅列了大明官員的著述，原刑部尚書鄭曉所著《吾學(xué)編》、故工部尚書雷禮所編《皇明大政記》、原任按察僉事王釔所著《續(xù)文獻(xiàn)通考》、原任按察僉事馮應(yīng)京所纂《經(jīng)世實(shí)用編》、原任吏部主事饒伸所輯《學(xué)海危言》、原南京刑部尚書王世貞所纂《弇山堂別集》、原刑部尚書黃光升所著《昭代典則》、故都督僉使萬表所錄 《艾集》、故吏部尚書李默所纂《孤樹哀談》，都認(rèn)為李成桂是李仁任之子，他們父子連弒四君，建立了現(xiàn)在的李氏朝鮮。
李昖在給朱載坖的奏疏中極為憤慨，認(rèn)為無其實(shí)而被惡名，流布天下，實(shí)所痛心，李仁任於李成桂宗係各別，伏望聖慈垂察，令李氏宗係，得蒙改錄，一國幸甚。請求大明父母之邦，予以辯駁，為李氏朝鮮正名。
而在大明收集相關(guān)資料，查證此事的時候，在朝鮮的王錫爵也奉旨調(diào)查此事，朝鮮人將朝鮮國史取出，請求大明天使查閱。